Een ander onderscheid kan gemaakt worden door de aanwending van aquaria als
'''biotoopaquarium''': voor het houden van zoet- of zoutwaterflora en -fauna, die een specifiek natuurgebied (een biotoop) zo natuurlijk mogelijk trachten weer te geven. Typische biotoopaquaria zijn
* het rifaquarium (zie hoger) is een typisch biotoopaquarium
* het Noordzeeaquarium, specifiek voor het houden van dieren uit de Noordzee
* het mangrove-aquarium -dat per definitie een paludarium is - waarin meestal de interessante schuttersvis gehouden wordt
* het killi-aquarium, waarin de bijzonder kleurrijke killivis gehouden wordt. De killivis is een eierleggend tandkarpertje dat in opdrogende plassen en poelen in Afrika voorkomt.
